En el año de 1968 un grupo de personas se interesaron en que sus hijos tuvieran una mejor educación, así que se pusieron de acuerdo que necesitaban una preparatoria para no tener que viajar fuera del pueblo y así poder tener una buena educación que sería dada en la ciudad de San Juan de los Lagos Jalisco. Para ello la Universidad de Guadalajara les prestó tres salones para estudiar, donde  al principio nada mas estudiaban de 10 a 16 alumnos por salón ya que esto era solo para gente que tenía dinero, puesto  que la Prepa era cara y poca gente tenía la oportunidad de estudiar en ella. En 1970 el presidente Noé Pérez propuso que se construyera un mejor plantel para los sanjuanenses que estudiaban en la Prepa, para así poder tener un buen rendimiento escolar para que estos mismos le echaran más ganas y superarse cada día más. En 1989 la prepa de San Juan de los Lagos deja de ser propiedad de Lagos de Moreno por lo que la Prepa se independiza de la Preparatoria de Lagos de Moreno y pasa a ser  la PREPARATORIA REGIONAL DE SAN JUAN DE LOS LAGOS JALISCO