Refundación del Pueblo 

 

Después de la derrota de Peñol de Nochistlán, gracias a la traición del  cacique de Jalpa, llamado Petacatl que fuera bautizado con el nombre de Francisco Aguilar, y posteriormente, la derrota del Mixtón y consecuentemente a Tenamaxtle, el virrey triunfa en diciembre de 1541 y ya en una paz aparente se traen a indios de Nochistlán, San Gaspar, Jalostotitlán y otros para refundar la región y de nuevo contar con un pequeño pueblo que los indígenas llamaron Mezquititlán posiblemente, pero no existe documento alguno que así lo ratifique, lo que si existe, es un documento en el que se le llama Mezatitlán (lugar de venados) en 1568.

 

Por el año de 1542 o 1543 viene a continuar la evangelización Fray Miguel de Bolonia quien posiblemente trajo a los indios para repoblar la zona y trae consigo además una imagen de San Juan Bautista y a entrega para que sea venerada en la choza que hizo Segovia y a partir de entonces se le llamó villa o pueblo de San Juan, ratificado al autorizarse la españolización del pueblo por la Audiencia de la Nueva Galicia cuyo bando se lee el 23 de Octubre de 1633 por el escribano público número 2, Francisco Espinoza al llamarlo villa de San Juan de los Lagos, por el simple hecho de pertenecer a la villa de Santa María de los  Lagos; bien se le pudo llamar, villa de San Juan Bautista o San Juan de la Virgen. Ya repoblado el pueblo, vivieron pacíficamente.